Il territorio del Parco si compone di due paesaggi alquanto diversi tra loro. Il primo è rappresentato nell’area cosiddetta del Quarto, nel settore meridionale. Qui si estendono colline arrotondate costituite da flysch, una roccia sedimentaria ricca in argilla e perciò con suoli inadatti alle coltivazioni. Boschi di caducifoglie e pascoli ricchi di arbusti spinosi sono gli ambienti dove si muovono allo stato brado le vacche maremmane. L’altro paesaggio ancor più caratteristico del Parco è quello dei valloni, forre scavate nel tufo dai corsi d’acqua – il Biedano e i suoi affluenti - nel settore settentrionale dell’area protetta.