Il Museo è fortemente radicato in uno dei territori naturali più peculiari della penisola italiana, la Tuscia viterbese. Un'area geografica che rappresenta un unicum dai punti di vista geologico, vegetazionale, faunistico, culturale. L'istituzione mira a rappresentare un presidio scientifico e didattico in grado di promuovere  la conoscenza, la corretta fruizione e la buona valorizzazione di tale territorio.

Cuore dell'azione del Museo è l'area del Parco Regionale Marturanum, esteso per circa 1240 ettari in una zona compresa tra i monti della Tolfa in provincia di Roma e le aree limitrofe al lago di Vico (provincia di Viterbo). Ma il suo terreno operativo si estende anche ad altri ambiti territoriali, a cominciare dalle Zone speciali di conservazione (ZSC) "Il Quarto di Barbarano Romano" e "Gole del Torrente Biedano" nonché la Zona di protezione speciale (ZPS) "Comprensorio Tolfetano-Cerite-Manziate".